正是因为政策法律规定中存在很多模糊不清的地方，才导致了各地小产权房建设的泛滥，在合法与非法之间给小产权房留下了一个擦边球的空间。
农地制度不合理
农地制度安排中的不合理因素导致了农民在土地增值的利益分配格局中没能得到合理的价值补偿。
农村集体建设用地和城市建设用地产权地位的不平等表现在：城市国有建设用地有正式的土地使用权拍卖市场，实行市场定价，而农村集体建设用地流转的使用权市场体系和价格制度一直没有建立起来，以致造成“同地不同价”；城市建设用地使用主体有使用权证，可以作为抵押到银行等融资机构进行再融资和资产评估，而农村建设用地没有使用权证，也不能进行上述的抵押和融资行为，不具有资产功能。同时国家对农村集体建设用地的用途还进行了严格的规定，一旦转变用途还需要经过国家相关部门的审批和征收。这直接导致了农民在土地快速增值的过程中没有得到合理的利益补偿。根据国研中心课题组的调查，在目前“合法的”房地产开发过程中，土地增值部分的收益分配，只有 20%到 30%留在乡以下，其中，农民的补偿款仅占 5%到 10%；地方政府拿走土地增值的 20%到 30%；开发商则拿走土地增值收益的大头，占 40%到 50%。
而小产权房则是农民集体直接自发在其集体所有的集体建设用地和宅基地上建设的房产，不需要缴纳类似开发商为获取土地交给政府的土地使用权出让金（其中包括由政府出面征收农民集体土地支付的征地费用）；此外，由村集体牵头开发，也省去了开发商；而建筑商就是当地农民。如此一来，小产权房的开发就又省去了基础设施配套费等市政建设费用。另外工程设计建设的投入、配套开发建设费用（如学校）、应缴纳的税款、营销费用等房地产商的成本费用也都大大节省。因而其开发成本，相比真正的商品房成本能低过 1/3。这也是小产权房市场价格低廉的决定性因素。而在这一开发过程中，农民集体通过出售小产权房获得的收益远远高于政府征收土地的补偿金额。
产权认可
有不少人认为随着《物权法》的出台，公民的财产权利全面被肯定，乡产权房也会被法律所认可，最终可以转化为合法的产权房。那乡产权房屋究竟能转化为真正意义上的产权房吗？从我国目前的相关法律规定来看，乡产权房屋转化为产权房还缺乏法律依据。而从我国对土地的管理理念与土地管理的价值取向来分析，短期内我国还不会放开集体土地的流转。因此，乡产权房屋向产权房的转化还需要一段较长的时间。同时，即便今后乡产权房屋可以转化为产权房，从现有的土地制度来看，购房人还会需要缴纳土地出让金。如此一来购房人购买乡产权房屋的费用也就与购买商品房相差无几。
国土资源部再次严厉地指出，小产权房实质是违法建筑，违反土地管理法律，集体土地不得用于商品住宅开发，城镇居民不得到农村购买宅基地、农民住宅或小产权房。中央财经领导小组办公室副主任、中央农村工作领导小组办公室主任陈锡文明确表示,小产权房违法,绝对不允许再建设。对于那些已经在农村购买了小产权房的消费者,国家相关部门正在研究制定具体的解决措施。
购买风险
法律风险
乡产权房的流通转让存在很多的限制，因为乡产权房只具备了普通商品房的使用性质，但不具备普通商品房的法律性质，其实并不是商品房。所以，法律法规对商品房的相关规定和制度对乡产权房是无效的，人民法院也不能适用商品房买卖的法律规定及司法解释处理涉及乡产权房的案件，购房人的权益很难得到维护。同时，由于购买乡产权房的合同是无效的，因此根据法律规定购房人只能要求开发商退还购房款并按银行同期贷款利率支付利息等。但是根据目前已有的案例来看如果购房人明知所购房屋是乡产权房仍然购买的，由于己方有过错，可能人民法院就不会支持其要求赔偿损失的请求。而且即使开发商违约，由于合同无效，购买人的权利将无法得到保障。由于乡产权房不受法律认可，也不用在房管部门备案，不在政府机构监管范围内，因此在使用房屋的过程中，如果遇到一些房屋质量问题、公共设施维护问题，其救济途径就非常有限。
最典型的案子就是1994年全国各地的画家入驻通州宋庄，逐渐形成全国最大的画家聚集地。但由于房价飞涨等多方面原因，陆续发生卖房农民因反悔卖房起诉画家的案件，至今已经形成13起讨房诉讼。 2007年7月，画家李玉兰第一个接到了一审败诉判决书，法院判决合同无效，要求原房主按照评估价给李玉兰9.3万元补偿款，李玉兰于判决生效90日内腾房。李玉兰遂向市二中院上诉。
2007年12月，二中院终审首次认定“画家村”农村房屋买卖合同无效，但判决中指出合同无效主要责任在于农民反悔，李玉兰可就赔偿问题另行主张。
政策风险
在购买的是在建乡产权房，购房人与开发商签订合同并交付房款后，如果相关部门整顿乡产权房的建设项目，可能就会导致部分项目停建甚至被强迫拆除。那么结果只能是购房人找开发商索要购房款，购房人就可能面临既无法取得房屋，又不能及时索回房款的尴尬境地。另外，购房后如果遇到国家征地拆迁，由于乡产权房没有国家认可的合法产权，购房人并非合法的产权人，所以其很可能无法得到对产权进行的拆迁补偿，而作为实际使用人所得到的拆迁补偿与产权补偿相比是微乎其微的。
